A Tini Nindzsa Teknőcök visszatérnek, a Michelangelo, Raffaelo, Leonardo és Donatello ezúttal egy különös baleset során a jövőben találják magukat, mesterükkel együtt. A különösen megváltozott világban az emberek és a földönkívüliek békésen élnek együtt. Azonban a baj itt is hamarosan felüti a fejét, és a teknőcök kénytelenek közbelépni, hogy megállítsák az ezúttal már világuralomra törő gonosz erőket...