A Samurai Jack egy ősi harcos történetét meséli el, aki elhatározza, hogy megtöri az alakváltoztatásra képes varázsló, Aku gonosz uralmát. Valamikor - a távoli múltban - egy kisfiú tehetetlenül nézte végig, hogyan hajtja uralma alá népét és országát egy gonosz boszorkánymester. A fiút apja messzi földre küldi, hogy a világ legkiválóbb tudósainak keze alatt tanulja ki a harcművészeteket. Miközben Samurai Jack immár fiatal felnőttként útjára indul, hogy megkeresse otthonát, számtalan különböző civilizációt, csodálatos tájat és szokatlannál szokatlanabb lényeket ismer meg. A szűkszavú Jack harcos férfiúként veti be minden tudását, egyesítve az elmét, az önuralmat és a fizikai erőt.