A történet közepében a 14 éves Danny Fenton élete és kalandjai állnak, aki népszerűtlen, de kedves és a Casper High School-ba jár. Bogaras, szellemvadász szüleivel - Maddie és Jack, és a 16 éves, basáskodó Nővérével, Jazz-zel él együtt. Danny legjobb barátai, Sam és Tucker hatására bemerészkedett szülei portáljába, ahol véletlenül megnyomott egy gombot, és a DNS-e ektoplazmával keveredett vagyis átalakult. Így változott át egy félig szellemmé, s magát "Danny Phantom"-nak nevezi. Szellem alakjában különös képességekkel bír: tud repülni, láthatatlanná vagy megfoghatatlanná válik, embereket is meg tud szállni, ektoplazmát tud lőni. Eleinte nem tudta használni különös erőit, de idővel megtanulta használni őket, és hamar rájött, hogy megvédheti velük városát, Amity Park-ot. Már az első epizódban szuperhőssé válik, és újabbnál újabb szellemekkel fog összeütközni, de jó néhányuk többször is feltűnik későbbi epizódokban is. Legjobb barátai, a számítástechnikát és húst imádó Tucker Foley, és a goth és vegás Samantha Manson támogatják és segítik Dannyt a szellemvadászatban.
A különböző szellemeken kívül vannak más, fontosabb ellenségek is Dannynek, ilyen a bosszúszomjas szellemvadász Valerie Gray, és a másik félig szellem ember, Vlad Masters/Plasmius, és persze Jack és Maddie Fenton is kisebb fenyegetést jelentenek számára. Danny próbálja kilétét eltitkolni az osztálytársai, tanárai és családja elől.