Egy 17 éves lány, Suzume felnőtté válásának története, amely Japán különböző, természeti katasztrófák által érintett helyszínein játszódik, ahol a hősünknek be kell zárnia a pusztítást okozó ajtókat. Suzume útja egy csendes kisvárosban, Kjúsú szigetén veszi kezdetét, Japán délnyugati részén, ahol találkozik egy fiatalemberrel, aki azt mondja neki: „Egy ajtót keresek.”
Suzume egy magányos, megfakult ajtót talál, amely egyenesen áll a romok között, mintha védve lenne az ott történt katasztrófától. Suzumét egyértelműen vonzza a belőle áradó erő, és az ajtó kilincséért nyúl…
Egymás után kezdenek újabb ajtók nyílni szerte Japánban, elpusztítva mindenkit, aki a közelükben van. Suzumének be kell zárnia ezeket a portálokat, hogy megakadályozza az újabb katasztrófákat.