A film folytatásában Brent űrhajóst különleges utazásra küldik, térben és időben egyszerre. Küldetése, hogy a 3955. évben eltűnt Taylort, az első expedíció vezetőjét megtalálja. Taylor, akinek űrhajója a majmok lakta bolygóra zuhant, a felfegyverzett gorillák fogságába esett. Egy Nova nevű néma lánnyal sikerült ugyan megszöknie a majmoktól, ám menekülés közben furcsa, telepatikus képességekkel rendelkező mutánsok közé keveredik. Ezek a lények a valamikori New York City földalatti romjai között élnek, és egy élő kobalt bombát imádnak. Brent rádöbben, hogy a mutánsok kialakulása egy atomtámadás következménye, mely az Egyesült Államok néhai lakóinak nagy részét elpusztította. És ő most két tűz közé került a majmok és mutánsok hatalmi háborújában.