A történet 15 évvel az első rész után játszódik. Egy őrült tudós, aki hatalmát nem kis részben „lányának”, Zebra Queen-nek köszönheti, átvette a totális hatalmat Japán felett és átkeresztelte a fővárost Zebra City-re. A rendet úgy tartják fent, hogy minden nap délután 5-kor egy megadott helyen a városban feltűnnek a hatalom rohamosztagosai, akik módszeresen levadásszák a szükségtelennek ítélt embereket. Egy ilyen akció elszenvedése után kezd el a tisztességben(?) megőszült egykori tanárember visszaemlékezni, hogy ki is volt ő korábban, illetve, hogy mi is az ő küldetése.