A 20. század elején egy különös új betegség szedi áldozatait. A Prófécia Kórnak nevezett új betegségben szenvedők testében az úgynevezett B sejtek elszaporodnak és a betegek hallucinációkat, rémképeket látnak emiatt. Sokan megőrülnek, vagy meghalnak ettől. Gyógymód viszont nem létezik, így a betegeket kapszulákba helyezik, és hibernált állapotban tartják, hogy időt nyerjenek a kór leküzdésére.

Yuji Kaido is a lehibernáltak között van. Álmából viszont nem az orvosok ébresztik, hanem egy körülötte zajló csata jelenetei. Katonák viszik éppen a kapszuláját, akikre hatalmasra nőtt bogarak támadnak. Yuji megrémül, és menekülni próbál, de nincs hová futnia. Végül az egyik katona, Marlen Angel menti meg az óriás bogaraktól, a Blue-tól.

Miután sikerül elhagyniuk a csata helyszínét, a katonák elmondják Yujinak, hogy mi történt. Nem sokkal Yuji álomba helyezése után új ellenség támadt az emberiségre. A Blue lényegében különböző fajta óriás rovarok összessége. Ezen lények egyetlen célja, hogy kipusztítsák az emberiséget.

Az emberek persze nem adták fel harc nélkül. A túlélők az űrben találtak új otthont, a Második Föld nevű űrállomáson. Ide próbálnak meg hőseink is eljutni. Útjuk során jópáran meghalnak az egységből, Yujit is kiképzik az óriásrobotok, a harcosok kezelésére, és a fiúból is pilóta lesz.

Eljutva az állomásra Yujit orvosi vizsgálatok sora után a harcosok új típusának, a Dupla Pengéknek irányítására utasítják. Ezeket a gépeket csak az alvók, a B sejttel rendelkező régi kor emberei képesek kezelni, és B sejtjeiknek köszönhetően tökéletes összhangba tudnak jönni a robotokkal.

A B sejtek ilyetén aktiválásának viszont káros mellékhatásai is vannak, a tudat ugyanis visszafejlődik, vagy az ember egyszerűen megőrül. Sajnos ezek a tünetek Yujinál is jelentkeznek, és Marlen, akihez időközben igen közel került, sem tudja megállítani a tomboló fiút. Vagy mégis? És mi lesz a Blue-val, az emberiség első számú ellenségével?