A második rész a NERV sarkvidéki bázisán, a Bethany Base-en kezdődik. Rögtön az anime elején megismerhetjük az új szereplőt, Makinami Mari Illustrious-t, az új EVA UNIT-05 pilótáját, aki a bázis alatt harcol a Harmadik Angyal ellen. Eközben Japánban Ikari Shinji édesanyja sírját látogatja meg apjával. Útközben hazafelé Misatóval értesülneka Hetedik Angyal támadásáról, miközben a UNIT-02 légi úton megérkezik Németországból, és rögvest felveszi a harcot az Angyallal. Pilótája a Second Children, Shikinami Asuka Langley százados. Vele egyidőben Ryoji Kaji is megérkezik Japánba, hogy kézbesítsen egy csomagot Ikari Gendo-nak. Mikor Shinji később hazaér, kiderül, hogy Asuka is Misato lakásában fog lakni velük együtt. Az új pilóta kezdetben nehezen illeszkedik be a csapatba önfejűsége és mérhetetlen önbizalma miatt, de mikor a Nyolcadik Angyal is megérkezik, a három EVA pilótának, Reinek,
Asukának és Shinjinek egyesült erővel kell szembeszállnia vele. Közben Gendo és Fuyutsuki ellátogatnak a Holdon lévő Tagbha Base-re, hogy megszemléljék az EVA Mark. 6-os építését. A film közepén pedig Mari is felbukkan, hogy teljesítse titkos feladatát.